Звучание сингл-версии («Zephyr Mix») в корне отличается от звучания оригинальной версии «In Your Room», присутствующей на альбоме. Музыка для сингл-версии была полностью переделана Бутчем Вигом, ранее успешно работавшим с группой Nirvana. Другие официальные ремиксы — это «Apex Mix», сделанный Брайаном Ино, звучание которого ближе к альбомной версии, и «The Jeep Rock Mix» Джонни Доллара, появившийся позднее на сборнике Remixes 81–04.
На концертах 1993—1994 годов Depeche Mode исполняли оригинальную альбомную версию, с 1998 года чаще исполнялась сингл-версия «Zephyr Mix». Во время тура в поддержку альбома Sounds of the Universe «In Your Room» исполнялась с элементами из обеих версий.
Видеоклип на «In Your Room» снял режиссёр Антон Корбейн. В клипе используется версия «Zephyr Mix».
Клип изобилует отсылками к предыдущим музыкальным видео группы: «Strangelove» (модель, позирующая в нижнем белье), «I Feel You» (женщина, одетая как Дейв Гаан в костюм в полоску, солнцезащитные очки и парик), «Walking in My Shoes» (костюм птицы), «Enjoy the Silence» (идущий по дороге Дейв Гаан, одетый как король и держащий в руках складной стул), «Halo» (человек с клоунским макияжем), «Personal Jesus» (показан участник группы в ковбойской шляпе), «Condemnation» (белое платье с лентами, в которое одета одна из женщин) и «Never Let Me Down Again» (питие чая из чашки).
Корбейн описал этот клип как ретроспективу своей работы, проделанной с группой. По его словам, такой приём был предпринят им потому что он был уверен, что фронтмен группы Дейв Гаан умрёт прежде чем группа сможет выпустить ещё песни
Снявшаяся в клипе Александра Каммер временами одета лишь частично. Сцены частичной наготы и связывания стали причиной того, что в США клип транслировался на канале MTV лишь в ночное время. Это явилось косвенной причиной того, что песня в США так и не стала хитом
Это последний видеоклип Depeche Mode, в котором появляется Алан Уайлдер, позднее ушедший из группы.
