есть реальные прецеденты?
Не надо быть таким запуганным, у меня куча знакомых которые которые оспаривали отказы и даже получали шенгенские визы других стран имея отказ Германии.
На визе не указывается как ты должен пересекать границу, на авто или авиа или поездом.
ууу как всё запущено... 
По порядку
1 Прецедентов у меня и моих знакомых нет. Именно потому, что внимательно отношусь к визовым вопросам
2 Получение шенгенской визы с отказом в паспорте - это одно, подача недостоверных сведений в анкете - это другое, вопросы пограничного офицера при въезде - это третье
3 Это указывается в анкете. Я сам лет 5 назад ездил по чешской визе куда мне надо было, но тогда ещё общешенгенская база SIS была в зачаточном состоянии. Сейчас погранцы на многих погранпереходах шенгена могут в режиме реального времени просмотреть ваши данные и насколько я помню, к 2015 так будет везде.
Ну и главное, по теме - зачем усложнять? Хока правильно предложил: бронь отеля в Праге на неделю. После получения визы меняем бронь, оставляем 2 дня. Авиабилет либо бронируем (не выкупая) либо берём на самом деле в два конца - для ЧСА или австрийских АЛ разница с билетом в один конец будет в 1тыр...
Кстати, кто получал чешскую визу недавно - требуют билет или достаточно брони?