1. Получается "крышу" опустить на один ярус и она типа будет тоже полкой? Я тоже думал так сделать, но тогда в нише надо отделать потолок, ладно рассмотрю поближе этот вариант.
2. Разделить левую секцию напополам по линии ящиков, чтоб полки получились 600х900?
3. С дверями вообще не определился пока. Две не слишком громоздкие будут? 3 похоже неудобно получится. 4 - это уже дверей до хрена... 
4. Стойка не по середине, в проекте 1000 - секция вешалки и 1200 секция слева. Видимо придется сделать наоборот?
5. Что такой с внутренними фасадами?
1. Крышу убрать, стойку опустить до уровня следующей полки, полку сделать цельной. Очень удобно хранить длинные вещи, которые нужны редко.
2. Хотя бы так. Присмотрелся, высота полок тоже не нравится. В идеале, при глубине полок 500мм, расстояние между ними должно быть 400+/-50мм. Чем глубже полки, тем больше.
Но вопрос в том, зачем тебе нужны столько глубоких полок?)
3. Это сложный вопрос и зависит от многих факторов - самого механизма, наполнения дверей, месторасположение шкафа. Обидно будет, если двери в сборе просто не доберутся до места установки)
Три двери могут быть неудобны из-за люка. Четыре для опорного механизма слишком узкие. Но опять же, надо смотреть в целом.
4. Ещё раз - для простых сеток не принципиально, для выдвижных да. Если стены в идеале, можно попробовать сделать так:

Но обычно стойку сдвигают чуть больше, на 50мм от центра в сторону ящиков, оставляя 30мм запаса. Например, от перекоса. А он при в стройке скорее всего будет.
Дело в том, что двери шкафа-купе в закрытом положении стоят внахлёст, поэтому всегда чуть шире половины ниши.
И я бы вообще начинал отталкиваться от них. Ну после решения с количеством дверей)
5. Примерно так:

Высота ящиков минус 30мм для пальцев, ширина минус 6 от ниши.
Для раскроя не забываем отнимать толщину кромки)