Не знаю про всех бюджетников, но на госслужбе зарплаты в разы с начальниками отделов не отличались.
Премии различаются. У нас у начальника отдела премия квартальная больше чем у зама в три раза, у инспекторов и специалистов - в 5 и более. Но начальник отдела за весь отдел отвечает.